Si desarrolláis algún plugin para CKEditor puede ocurrir que hagáis uso de la función insertHtml, en este caso puede ser que os topeis con el problema de que al intentar insertar algún elemento no lo haga, y es porque el filtro de html se come los elementos que no estén permitidos.

En este caso tenemos dos opciones:

1) Deshabilitar el filtro por completo. Para ello hay que editar la configuración e indicar que no queremos filtrar el contenido:

    config.allowedContent = true;

2) Indicar en nuestro plugin las etiquetas que va a insertar usando el filtro de etiquetas permitidas:

http://docs.ckeditor.com/#!/api/CKEDITOR.filter.allowedContentRules