Si usas los tags que ahora da Google DFP por defecto, en un principio al definir el tamaño del div donde va a estar contenida la publicidad este tamaño se mantiene, de manera de que si no hay publicidad se queda el hueco vacio, este comportamiento no ocurría con los anteriores tags.

Para seguir colapsando el espacio en caso de que no haya publicidad para mostrar, hay que usar la siguiente función:

googletag.pubads().collapseEmptyDivs();

Debe ser llamada antes de la función

googletag.enableServices();