Para instalar el driver de Mongo para PHP 5.6 en Ubuntu 14.04 hay que seguir los siguientes pasos:

Añadir a los repositorios de apt-get el repositorio de ondrej/php

sudo add-apt-repository ppa:ondrej/php

Una vez añadido actualizar las referencias en apt-get

sudo apt-get update

Con este repositorio en nuestro sistema, debe de encontrarnos el paquete correctamente para instalarlo con el siguiente comando:

sudo apt-get install php-mongo

Este último comando debe de crearnos el archivo mongo.ini con la depencencia con el .so añadida. Si no lo hace automáticamente por alguna razón, podemos hacerlo a mano:

sudo echo "extension = mongo.so" > /etc/php5/mods-available/mongo.ini

Según la instalación de PHP como se haya realizado, la localizacioń del mods-available estará en la localización /etc/php5 o en /etc/php/{version}, por ejemplo en mi sistema que tengo concurrentemente las versiones 5.5, 5.6 y 7.0, las localización para mongo.ini sería en /etc/php/5.6/mods-available.

Para comprobar que se ha intalado correctamente inspeccionamos la configuración de PHP para ver que existen los registros de configuración de mongo

php -i | grep mongo